В 2016 году в России стартовала масштабная программа по обновлению рыбопромыслового флота. В рамках программы государственной  поддержки  с  помощью  квот  на  инвестиционные  цели, заключены контракты на строительство 66 крупнотоннажных и среднетоннажных судов. Механизм инвестквот открывает большие перспективы для отечественной рыбной отрасли и судостроения. По итогам реализации ее первого этапа будут обновлены мощности рыбопромыслового флота Северного бассейна на 80%, Дальневосточного бассейна – на 40%. Объем частных инвестиций привлекаемых с помощью нефинансового инструмента господдержки составил около 200 млрд рублей. Экономическая  эффективность  с  каждой выловленной тонны, по оценкам Росрыболовства, повысится примерно в 1,5 раза, что позволит прирасти  в экономических  показателях  как отрасли, так и прибыли рыболовецких компаний для дальнейшего реинвестирования.  Стратегически важно,  что  уловы будут перерабатываться именно на территории России: на внутренний рынок и на экспорт будет поступать продукция высокой степени переработки. К 2024 году все 66 судов, заложенные в рамках первого этапа программы, должны быть переданы заказчику. Но, в 2020 году «всплыли» первые проблемы при реализации программы, несколько судостроительных верфей начали затягивать сроки строительства судов, объясняя это - то финансовыми проблемами на предприятии, то отсутствием зарубежных комплектующих из-за введенных санкций. Так в начале 2021 года руководитель Росрыболовства Илья Шестаков обрушился с критикой в отношении Объединенной судостроительной корпорации (ОСК). Глава Росрыболовства так прокомментировал отставание от графика строительства рыбопромыслового флота на верфях корпорации, особенно на заводе в Выборге:

«Принято решение ежеквартально на встрече Совета директоров заслушивать информацию о мерах, предпринимаемых для выполнения Выборгским заводом своих обязательств. Для нас принципиально важно контролировать процесс, чтобы понимать сдвиги сроков и загрузку строительных мощностей. Ход выполнения инвестпроектов обсуждался на различных площадках, в том числе в Совете Федерации. Так, из 18 судов, которые планировалось сдать к концу 2020 г., рыбакам передано только пять», – подытожил Илья Шестаков.

Реакция на происходящее со стороны руководителя Росрыболовства понятна, поскольку в октябре 2020 года Шетакову пришлось лично докладывать президенту о провале первого этапа программы.

«К сожалению, есть определенные проблемы, связанные со сроками строительства, но мы с Минпромторгом это активно сейчас отрабатываем, и новые сроки в принципе будут уже выдерживаться непосредственно верфями», - рассказал глава Росрыболовства.

По всем заводам идет задержка от полугода до двух лет, основная проблема была по Выборгскому судостроительному заводу, где отставание составляет до двух лет, обратил внимание Илья Шестаков. «Сейчас мы новые графики составили вместе с Минпромторгом и рыбаками, и верфи обещают, что будут эти графики уже выдерживать», - обрисовал ситуацию руководитель агентства.

«Президент поручил контролировать ситуацию. «Нужно за этим следить внимательно и реагировать своевременно. У них заказов сейчас достаточно, в целом у предприятий, нужно, чтобы графики были выстроены соответствующим образом», - заявил Владимир Путин.

После обсуждения с президентом проблемы в отрасли не закончились. Регулярный срыв графика сдачи новых судов верфями повлек колоссальные финансовые потери для заказчиков, как правило, находящихся под долговой нагрузкой. К примеру, траулер «Скорпион» строился для мурманских рыболовов из группы компаний «ФЭСТ». Судно было заложено в конце 2017 года по программе выделения квот на добычу рыбы в обмен на инвестиции в обновление флота или береговые заводы. На воду судно спустили в июле 2019 года. На торжественной церемонии лично присутствовал министр сельского хозяйства Дмитрий Патрушев. Передача траулера заказчику была запланирована на третий квартал 2020 года, но корабелы не справились с установленным сроком, и ввод судна в эксплуатацию перенесли на середину 2021 года. Траулер «Скорпион» — первое из двух судов, строящихся на заводе «Пелла» по заказу мурманской «ФЭСТ». Стоимость каждого — 33 миллиона евро, общий объем инвестиционного проекта — 66 миллионов евро. Объем предоставленного «Альфа-Банком» финансирования — 47 миллионов евро. Этот кредит необходимо возвращать, но компания осталась и без траулера, и без квот на вылов, под которые выделялись деньги на проектирование и строительство новых судов. Точную сумму убытков в «ФЭСТ» не раскрывают, но речь может идти о десятках миллионов долларов. И дело не только в убытках. В критической ситуации по вине корабелов оказалась не только «ФЭСТ», а практически все рыбопромышленные компании. По данным Росрыболовства, российские судостроительные заводы набрали более полусотни заказов (53 договора под строительство рыбопромысловых судов) на сумму в 171 миллиард рублей, но не справляются с ними. За три года действия госпрограммы «Квоты под киль» из 53 судов только 5 переданы заказчику, 11 спущены на воду.  Наиболее успешной следует признать работу калининградского судостроительного завода «Янтарь», который уже передал заказчику (камчатскому Рыболовецкому колхозу имени Ленина) три 50-метровых сейнера и строит еще два; один из них уже спущен на воду. Но и тут не обошлось без корректировок графиков строительства: изначально предполагалось, что серия будет сдана в 2018-м — начале 2019 года, но в итоге головной траулер «Ленинец» был сдан только в августе 2019 года, «Командор» — в декабре 2019 года, третий траулер «Ударник» — летом 2020 года. Пытаясь восстановить российскую судостроительную отрасль и рыболовный флот и столкнувшись с массой нерешенных проблем на верфях, чиновники упускают еще одну нерешенную задачу: отсутствие в России судоремонтных мощностей. Даже новые суда необходимо регулярно обслуживать, а делать это негде. Так, по данным комиссии РСПП по рыбному хозяйству и аквакультуре, в 2018 году специализированная судоремонтная база рыбохозяйственного комплекса была представлена всего 30 предприятиями, которые фактически способны обеспечить не более 15 процентов потребностей рыбопромышленных предприятий в судоремонте. 25 мая в рамках Комитета Совета Федерации по аграрно-продовольственной политике и природопользованию, которое провел первый заместитель председателя Сергей Митин было заявлено, что окончание первого этапа программы полностью реализуется до 2025 года, хотя ранее говорилось о 2024.